São funções da Direcção Nacional de Organização Territorial:
a) Gerir estudos técnicos para a identificação da organização territorial aprovada pelos órgãos competentes e a elaboração dos respectivos mapas;
b) Proceder a definição técnica das unidades da organização territorial;
c) Prestar apoio técnico às actividades de preparação de projectos de revisão da organização territorial;
d) Assegurar a demarcação física dos limites entre as unidades territoriais;
e) Coordenar com as autoridades comunitárias os assuntos relacionados com a gestão territorial;
f) Coordenar os processos de endereçamento das zonas urbanas;
g) Realizar estudos e propostas de normas sobre a organização territorial;
h) Realizar outras actividades que lhe sejam superiormente determinadas nos termos do presente Estatuto e demais legislação aplicável.
A Direcção Nacional da Organização Territorial é dirigida por um Director Nacional, coadjuvado por um Director Nacional Adjunto.